我国对保健食品实行严格监督管理，深入推进保健食品注册和备案双轨运行。保健食品备案，是指保健食品生产企业依照法定程序、条件和要求，将表明产品安全性、保健功能和质量可控性的材料提交市场监督管理部门进行存档、公开、备查的过程。2024年获得备案凭证的国产保健食品共4307款，2025年上半年获得备案凭证的国产产品共1903款。
保健食品注册是指市场监督管理部门根据注册申请人申请，依照法定程序、条件和要求，对申请注册的保健食品的安全性、保健功能和质量可控性等相关申请材料进行系统评价和审评，并决定是否准予其注册的审批过程。2024年，获批国产注册类保健食品共391款，实际批准的国产注册类保健食品共384款，其中转让技术注册类产品49款，新产品注册335款。2025年上半年，获批国产注册类保健食品共141款，实际批准的国产注册类保健食品共137款，其中转让技术注册类产品21款，新产品注册116款。